Als die Gesellschaft fünf Jahre nach der Gründung ihren Sitz nach Stuttgart verlegt, ist Christoph Ulrich Hahn schon aus dem Vorstand zurückgetreten. Denn im Jahr 1833 tritt er eine Pfarrstelle in Bönnigheim an. Hier gibt er im Jahr 1835 Johanna Lutz das Jawort. Hahns Frau stirbt acht Jahre später. Im Jahr 1849 geht der Pfarrer mit Elisabeth Marstaller seine zweite Ehe ein. Als auch die Bönnigheimer Kaufmannstochter jung stirbt, lebt Hahn, Vater von vier Söhnen und einer Tochter, vom Jahr 1855 an allein.
In seiner Bönnigheimer Zeit trägt Hahn den Gedanken der Diakonie fort. Erst ruft er ein mehrsprachiges Internat ins Leben, dann eine Volksküche. Ein Kindergarten, der bis heute besteht, geht genauso auf seine Initiative zurück wie ein Leseverein, ein Verein zur Bekleidung armer Landleute, ein Verein gegen Bettel der Handwerksgesellen und schließlich ein Verein für christlich erziehende Ackerbauschulen. In seinen Schriften beschreibt Christoph Ulrich Hahn seinen Ansatz, mit dem er der Zeit weit voraus ist: Immer wieder fordert der Pfarrer eine Diakonie, die nicht nur die Folgen der Armut lindert, sondern deren Ursachen bekämpft.
Neben dem ganz praktischen Einsatz für die Bedürftigen seiner Zeit betätigt der brillante Kopf Hahn sich wissenschaftlich. Er interessiert sich für Themen aus der Sektengeschichte genauso wie für die Entwicklung des Pietismus. Für den zweiten Band seiner monumentalen „Geschichte der Ketzer im Mittelalter“ verleiht ihm die Theologische Fakultät Leipzig 1849 die Ehrendoktorwürde.